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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
06/11/2023 |
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Data da última atualização: |
07/12/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SUELA, M. M.; AZEVEDO, C. F.; NASCIMENTO, A. C. C.; MOMEN, M.; OLIVEIRA, A. C. B. de; CAIXETA, E. T.; MOROTA, G.; NASCIMENTO, M. |
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Afiliação: |
MATHEUS MASSARIOL SUELA, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; CAMILA FERREIRA AZEVEDO, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; ANA CAROLINA CAMPANA NASCIMENTO, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; MEHDI MOMEN, UNIVERSITY OF WISCONSIN-MADISON; ANTONIO CARLOS BAIAO DE OLIVEIRA, CNPCa; EVELINE TEIXEIRA CAIXETA MOURA, CNPCa; GOTA MOROTA, VIRGINIA POLYTECHNIC INSTITUTE AND STATE UNIVERSITY; MOYSÉS NASCIMENTO, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA. |
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Título: |
Genome-wide association study for morphological, physiological, and productive traits in Coffea arabica using structural equation models. |
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Ano de publicação: |
2023 |
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Fonte/Imprenta: |
Tree Genetics & Genomes, v. 19, n. 3, 2023. |
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Páginas: |
17 p. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1007/s11295-023-01597-8 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Yield is one of the most important traits of arabica coffee. Plant breeders seek to maximize yield directly or indirectly, using other related traits. The standard multi-trait genome-wide association study (MTM-GWAS) does not accommodate the network structure of phenotypes, therefore, does not address how traits are interrelated. We applied structural equation modeling (SEM) to GWAS to explore interrelated dependencies between phenotypes related to morphology (fruit size and number of reproductive nodes), physiology (vegetative vigor), and productivity (yield) traits using 195 Coffea arábica individuals genotyped with 21,211 single-nucleotide polymorphism markers. We inferred the probabilistic phenotypic network by the Hill-Climbing algorithm to estimate the structural coefficients. The integration of multivariate GWAS and SEM (SEM-GWAS) identified a positive interrelationship between vegetative vigor and yield, and vegetative vigor and the number of reproductive nodes. Among those traits, yield and number of reproductive nodes presented indirect SNP effects. There was no evidence of a single quantitative trait locus controlling all the traits jointly. We identified three genes (Stress enhanced protein 1, Abscisic stress-ripening protein 5, and SAR?SNI1) that acted directly on yield. In summary, SEM-GWAS offered new insights into the relationship between the traits linked to coffee yield, providing useful information for arabica coffee breeding programs. |
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Thesaurus Nal: |
Coffea arabica var. arabica; Genome-wide association study; Single nucleotide polymorphism; Structural equation modeling. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1157822/1/Genome-wide-association.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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Biblioteca |
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Registro |
Volume |
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URL |
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Cerrados. Para informações adicionais entre em contato com cpac.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Cerrados. |
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Data corrente: |
10/10/2011 |
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Data da última atualização: |
11/10/2011 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
LOPES, A. DA S.; BEZERRA, E. T.; RABELLO, F. R.; DIAS, L. E. R.; ROLIM, L. F. L. S.; REIS JUNIOR, F. B. dos; MENDES, I. de C. |
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Afiliação: |
ÁLISSON DA SILVA LOPES, UPIS; EUDACI TAVARES BEZERRA, unip; FERNANDA RODRIGUES RABELLO, BOLSISTA FUNAPE; LAYRA EMILY RODRIGUES DIAS, UNB; LUCAS FERREIRA LIMA SOBREIRA ROLIM, CPAC; FABIO BUENO DOS REIS JUNIOR, CPAC; IEDA DE CARVALHO MENDES, CPAC. |
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Título: |
Atividade enzimática de um latossolo de cerrado sob sistemas de integração lavoura-pecuária. |
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Ano de publicação: |
2011 |
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Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 33., 2011, Uberlândia. Solos nos biomas brasileiros: sustentabilidade e mudanças climáticas. Uberlândia: Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 2011. 1 CD-ROM. |
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ISSN: |
2175-313X |
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Idioma: |
Português |
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Palavras-Chave: |
Integração lavoura-pecuária. |
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Thesagro: |
Solo. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Cerrados (CPAC) |
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